在酶联固相免疫实验中，尤其在简介ELISA法中，经常会碰到阴性本底的问题。主要是本底过高和不同标本的本底值差异较大。本底或称背景，是ELISA中的非特异性显色。底物未经过酶作用而呈现的颜色称为空白。底物液如配制不当会出现一定的空白值。这个空白值只要不太高（A＜0.05），可从个测定值中减除，并不影响实验结果。这里研究的是不含待测抗原或抗体的阴性标本在ELISA中出现的本底。从理论上讲，只有阳性标本最终才能引出显色反应，在以下情况会出现本底。
固相载体的吸附
在酶免疫测定中，ELISA的特点是利用固相载体作为分离游离和结合的酶结合物的手段。固相载体与吸附在其上的抗原会抗体形成固相抗原或固相抗体，即免疫吸附剂（Immu-nosorbent）。通常所用的固相载体聚苯乙烯其表面主要是疏水基团，通过疏水键与蛋白质结合。之中吸附式物理性的非特异性吸附，虽然蛋白质的分子量、等电点、浓度等对吸附的量有一定的影响，但总的来说各种蛋白质均能吸附在聚苯乙烯载体的表面。因此除在包被时有目的地使抗原或抗体吸附在载体上，在ELISA各个步骤中均有可能发生干扰物质的吸附，使最终产生与受检抗原-抗体反应无关的显色，这是形成本底的主要原因。